综合保税区是海关特殊监管区域的一种，海关特殊监管区域的创立是中国对外开放不断深化的结果。
改革开放以来，随着中国经济的不断发展，对外贸易额不断盘上，陆续出现了一批有中国特色的保税监管区域。1990年，上海外高桥保税区最早设立，其后，根据经济发展的需求，出口加工区、税保物流园区、保税港区、综合保税区等各类海关特殊监管区域诞生。为不同时期，我国承接国际产业转移、促进对外经济合作，提升区域竞争力做出了重要贡献。截至2018年底，中国拥有海关特殊监管区140个，其中综合保税区96个。
上海自由贸易试验区成立后，外高桥保税区、外高桥保税物流园区、机场综保区、阳山保税港区等特殊监管区域作为核心区域被纳入其中，自贸区改革落地在海关特殊监管区域。
综合保税区作为落实自由贸易试验区贸易便利化改革创新措施的重要载体，在促进自由贸易区进行功能升级、业务创新，引导区域科学发展，推进贸易投资便利化水平作用明显。体现了国家赋予海关特殊监管区域转型升级的战略意义，对于进一步促进贸易投资便利，优化区域产业布局和发展能级，打造高水平开放新平台将发挥积极推动作用。
前文提及，自由贸易试验区与综合保税区更多的属于自由贸易园区（FTZ）的范畴。
自由贸易园区通常被视为“境内关外”：园区位于设区国国境之内，受设区国政府治理；进入园区的货物应免除进口环节的关税和其他各税；海关在园区应免于实施惯常的海关监管，实行另一套特殊政策。并实行“一线放开，二线管住，区内自由”的管理原则。但自由贸易园区并无统一类型，也没有标准范式，各国的自由贸易园区也各不相同。我国海关特殊监管区域在建立之初，借鉴了世界自由贸易园区的经验，在发展中又结合中国国情形成了自身的特色。
自由贸易园区的功能与一个地区的经济条件、时代环境、地理位置和政策资源有关。同一个国家的自由贸易园区，即便拥有同样优惠政策和条件，也可能有不同的侧重点。从国际上看，各国自由贸易园区的主流模式是“制造加工+转口贸易”，只有少数自由港发展成为以离岸金融、商业零售及旅游等产业为主的综合性自由贸易园区。我国的综合保税区虽然功能设定较宽泛，涵盖了国外自由贸易园区的大部分功能，但功能的实际效用发挥上大多并不理想。目前除了少数综合保税区发展国内外转口贸易成绩比较突出玩，大多数综合保税区的功能还局限于加工制造以及与之相关的进出口贸易和仓储物流业务，而且即便是加工制造业，也局限于电子信息等少数产业类型。
我国综合保税区的功能有：国际转口贸易、国际采购、仓储物流、分销与配送、国际中转、研发，加工与制造、检测与维修、口岸作业、商品展示。
现状与机遇
2018年1-11月，全国海关特殊监管区域实现进出口值4.7万亿元人民币，同比增长12.3%，占同期中国外贸进出口总额的16.8%，以占全国二万分之一的土地面积，实现了约六分之一的外贸总量。
由于我国很难通过规模化发展国际转口贸易成为以离岸金融、商业零售及旅游等产业为主的综合性自由贸易园区。合适的选择是将这些区域的功能定位为“加工深化+多元贸易”，加工深化指制造业产业链的延伸，除了加工制造，还应包括前端的研发和后端的维修。多元贸易指贸易方式的多元化，除了服务于区内企业开展保税加工、保税物流的进出口贸易，还应包括国内转口贸易，国际转口贸易，离岸转口贸易，以及各种形态的准离岸转口贸易，甚至国内贸易等。
国家“十三五”规划纲要明确提出了“创新、协调、绿色、开放、共享”的新发展理念，并指明了在适度扩大总需求的同时着力推进供给侧结构性改革的发展主线。从2013年9月到2019年8月我国以1+3+7+1+6分5批次在发达地区、沿海地区、内陆地区、沿边地区设立了18个自由贸易试验区，明确表明改革开放依然是我国当前经济发展的重要抓手。
自由贸易试验区的建设，客观上推动了我国综合保税区的制度创新。2019年年初，党中央、国务院发布关于推动形成全面开放新格局的决策部署，将加强推进综合保税区功能升级，支持综合保税区率先推广自由贸易试验区试点经验，推动各类海关特殊监管区域整合提升。2019年10月16日国务院总理李克强主持召开国务院常务会议，会议指出支持在中西部地区优先增设一批综合保税区。
提供的服务
作为“一带一路”倡议与自由贸易区对外贸易政策衔接点，中机院对外经济究所针对海关特殊监管区域提供：政策解读、发展规划、转型升级策划、空间规划、功能布局、产业规划以及招商运营一体化解决方案。
