从调研和基层反映情况看，当前乡村产业发展也面临不少困难和问题。
一、发展质量效益不高。
多数乡村企业科技创新能力不强，特别是农产品加工创新能力不足，工艺水平落后于发达国家。产品供给仍以大路货为主，优质绿色农产品占比较低，休闲旅游普遍存在同质化现象，缺乏小众类、精准化、中高端产品和服务，品牌溢价有限。乡村产业聚集度较低，仅有28％的乡村产业集中在各类园区。
二、产业要素活力不足。
乡村产业稳定的资金投入机制尚未建立，金融服务仍明显不足，土地出让金用于农业农村比例偏低。农村资源变资产的渠道尚未打通，阻碍了金融资本和社会资本进入乡村产业。农村土地空闲、低效、粗放利用和新产业新业态发展用地供给不足并存。农村人才缺乏，科技、经营等各类人才服务乡村产业的激励保障机制尚不健全。
三、产业链条仍然较短。
◆ 一产向后延伸不充分，多以供应原料为主，从产地到餐桌的链条不健全。
◆ 二产连两头不紧密，农产品精深加工不足，副产物综合利用程度低，农产品加工转化率仅为65％，比发达国家低20个百分点。
◆ 三产发育不足，农村生产生活服务能力不强。产业融合层次低，乡村价值功能开发不充分，农户和企业间的利益联结还不紧密。
四、产业基础设施仍然薄弱。
一些农村供水、供电、供气条件差，道路、网络通讯、仓储物流等设施未实现全覆盖。产地批发市场、产销对接、鲜活农产品直销网点等设施相对落后，物流经营成本高。农村垃圾集收运和污水处理能力有限，先进技术要素向乡村扩散渗透力不强。乡村产业发展的环境保护条件和能力较弱，工业“三废”和城市生活垃圾等污染扩散等问题仍然突出。
