由于行政区划的存在，粤港澳跨行政区域创新系统的构建必然要考虑到不同行政区域的自身特点，以及由此产生的相互联系与差别。因此，需要根据粤港澳三地的具体特征，分层次、分类别地建没好以下创新子系统。
1、建立以地方政府为主导、中央政府参与的粤港澳跨行政区域协调创新系统
同国内外的跨行政区域相比，粤港澳跨行政区域中地方政府对整合的主导和推动相对不足。为此，应打破行政区划界限，取消各自为政的市场界定和区域管制，并在CEPA的协商框架下，筹建“无缝隙”的跨行政区域协调创新委员会，作为粤港澳三地科技创新与合作的指导组织机构。一是利用区域科技规划直接引导和参与跨行政区域创新活动，推动三地企业的协作创新;二是继续完善粤港、粤澳高层的联络员制度和年会制度，建立地方政府各职能部门(如广东省科技厅、香港创新科技署和澳门科技委员会)对口沟通合作机制;三是加强创新与创业文化建设，为创新活动创造良好的制度、体制和政策环境。
在“一国两制”条件下构建跨行政区域创新系统，还需要中央政府的关怀、参与和协调1 31。粤港澳虽是三个地位平行的地方行政区域，但港澳是实行高度自治的特别行政区，享有广泛的行政管理权。粤港澳交往有许多类似“涉外”关系上的制度制约，除中央明确授权者(如抗击非典时期粤港澳的直接情报交流)外，较大事务缺少自主权(如政府高官访问港澳需中央批准等)。在此特殊情况下，粤港澳跨行政区域创新系统的建设如果没有中央政府的参与和协调，许多制约因素将难以排除或不能及时排除。
2、建立以企业为核心、现代产业体系为发展重点的粤港澳跨行政区域技术创新系统
企业是技术创新的主力，从粤港澳三地R&D经费的构成看，企业均在90%以上。粤港澳三地企业多属于中小企业，综合实力相对较弱，亟需各级政府重点扶持。因此，要以企业为核心大力实施“技术创新工程”，加强粤港澳三地企业之间的合作和交流，鼓励广东省具有自主知识产权的高新技术企业、民营科技企业建立研究中心和技术研究院，引导港澳企业在粤没立研发机构，并通过科技体制改革和创新政策制定，加快粤港澳跨行政区域技术创新平台的建设。
企业技术创新是建立现代产业体系的重要保障。要构建粤港澳紧密合作区，就要“跳出广东谋划发展广东”，把广东的发展与粤港澳跨行政区域的发展统筹起来，通盘考虑，打造以现代产业体系为发展重点的跨行政区域技术创新系统。现代产业体系离不开高新技术产业、先进制造业和现代服务业的相互融合，因此广东省要以香港、新加坡、台北、首尔等世界先进城市为标杆，加强与港澳地区的创新合作，在优化提升制造业“前店后厂”合作模式的基础上，向服务业的“前店后楼(写字楼)”合作模式延伸，促进形成产业结构高级化、产业发展集聚化、产业水平国际化的现代产业体系。
3、建立以高校和科研机构为主体、产学研相结合的粤港澳跨行政区域知识创新系统
粤港澳三地都有相当数量及知名度的高校和科研机构，但是，过去这些高校和科研机构的联系交流与合作比较薄弱，科技资源的相互利用也不够¨1。因此，有必要联合粤港澳三地主要的高校和科研机构(如华南理工大学、广东科学院、香港理工大学和澳门科技大学等)，成立粤港澳跨行政区域应用科技研究院或创新技术研究院，充分发挥三地高校和科研机构众多、科技资源丰富、市场经济发达等优势，建设跨行政区域技术和知识生产的集散地，推动建立起联系紧密的多元化、社会化的知识创新基础平台。
构建粤港澳跨行政区域知识创新系统，还应该加强企业和高校、科研机构的合作。例如，可以扩大一年一度的粤港关键领域重点突破项目招标的地域范围，将澳门地区的科技项目纳入其中，进一步促进粤港澳三地的产学研合作。广东省企业要充分借助港澳地区的科技研发力量，在现有的科学城、大学城、国际生物岛等创新平台的基础上，设立跨行政区域的研究开发机构、工程技术中心、重点实验室等，并以台湾新竹科技园、日本筑波科学城等为追赶目标，鼓励以股份制形式组建科技合作群体等的产学研合作。
4、建立以中介组织为纽带、生产力促进中心为结点的粤港澳跨行政区域服务创新系统
中介组织包括各种仲裁机构、代理机构、行业协会、商会等，是构建跨行政区域创新系统的重要主体t5 J。港澳地区的中介组织比较发达，多处于世界一流水平，并且十分渴望打入内地市场;广东省已有的中介组织水平虽不如港澳地区，但部分城市(如广州、深圳)的中介组织已处于内地领先水平，并且熟悉国情和通晓内地规则，粤港澳三地利用中介组织作为纽带可以创造更大的商机。因此，要采取有效措施加快粤港澳跨行政区域的中介组织建设，包括扶持培育中介机构、推进资质认证、加强人员培训等，逐步形成服务创新机构的网络体系。
还可考虑以广东省生产力促进中心(GDPC)、香港生产力促进中心(HKPC)和澳门生产力暨科技转移中心(CPTTM)为主要结点，组建粤港澳跨行政区域生产力促进中心，推动建立三地资源共享的科技信息网络平台。鉴于香港在科技服务创新领域的优势，粤港澳跨行政区域生产力促进中心可由香港生产力促进局主导，利用其在广州、深圳和东莞设立的生产力咨询有限公司，联合为企业提供形式多样的支持和服务。
5、建立以硬环境为基础、软环境为特色的粤港澳跨行政区域环境创新系统
跨行政区域创新环境包括硬环境和软环境，它们是推动跨行政区域创新系统良性循环的保障和核心资源。粤港澳三地要在各自规划的基础上，努力构建现代化的综合运输网络。近期要积极推进落马洲河套地区开发、广深港客运专线、莲塘/香园围口岸、横琴岛的开发与利用等重大跨境项目的合作，充分利用2008年初粤港澳三地政府就港珠澳大桥项目融资安排达成的共识(港方投资占50.2%，粤方占35.1%，澳方则占14.7%)，加快该项目的建设进程;要借鉴美国“国家信息基础设施计划”和台湾“网络新都”的经验，打破传统的区域发展思维，运用“网络空间”替代“地理空间”，突破行政区划的“冈q性约束”，弥补或缩小空间距离带来的差异。
跨行政区域创新的政治、经济、文化等软环境，可以进行后天塑造，但绝大多数是与各行政区域的历史文化密切相关的，要结合当地特色加以培育。以文化环境为例，粤港澳三地的社会文化都根植于岭南文化，这有利于相互之间的情感认同和文化认同tsl。因此，应树立文化是生产力、创造力和软实力的思想，大力传承创新岭南文化，打造“文化广东”、“文化港澳”，以文化产业的发展推进软环境的建设;还应抓住2010年广州亚运会这一契机，通过亚运会塑造“首善素质”，展现“首善之区”的文化风采，使岭南文化得到弘扬和升华。同时，要健全创新政策法规，营造鼓励冒险、容忍失败的创新氛围，为粤港澳跨行政区域创新系统的建设提供制度保障。
6、建立以风险投资体系为保障、人才聚集为优势的粤港澳跨行政区域动力创新系统
资金和人才是最主要的两种创新动力源。目前，香港已成为亚洲最大的风险投资营运中心，粤港澳三地完全有条件建立跨行政区域的风险投资体系。可考虑设立“粤港澳科技创新风险投资基金”，吸引民间资金支持科技创新活动;在深港、珠澳边界建设跨行政区域的“高新技术创新走廊(园区)”，发挥“筹资中心”和“创新孵化器”的功能阳1;引进港澳资本创建风险投资公司，运用中央赋予的特殊政策和灵活措施，与港澳共同推动CEPA在广东的先试先行;鼓励广东省中小企业通过香港主板和二板(创业板)市场实现上市融资，获得境外资金的支持。
高层次人才是构建跨行政区域创新系统的另一重要动力源。粤港澳三地都面临着吸引人才优势弱化、创新人才后劲不足等问题，因此，需要树立“创新是‘首善’之魂，人才是创新之本”的科学理念，破除“见物不见人”的传统观念，使粤港澳跨行政区域成为会聚人才的洼地、科技创新的高地、创业居住的福地，以此打造科技创新的人才优势。粤港澳三地政府应该放宽科技创新人才出入境的审批手续，实施人才的柔性开放战略，方便他们自由出入境和自由选择在三地定居，以利于从事跨行政区域的科技工作和科技创新产品的开发与营销。
粤港澳跨行政区域创新系统不仅强调各行政区域自身“面”上的创新能力建设，而且还强调各行政区域之间“面与面”的互动，即跨行政区域的横向联系和信息交流;并通过建立协调跨行政区域创新活动的指导组织机构，以中介组织为纽带(“线”)，不断致力于从微观层面上提高各行政区域技术创新主体——企业这个“点”的技术创新能力，使这些“点”、“线”、“面”有机地结合起来，从而最大限度地发挥系统的联动效应和聚集效应，促进粤港澳三地经济和科技的深度融合与创新发展，也促进粤港澳紧密合作区的逐步形成与不断完善。(作者：王鹏)
