综观我国医药产业存在的问题，主要表现为：企业规模小、产业集中度低、产业运行效益不高、产业发展受政策波动的影响大。
1999年11月15日，中美双方就中国加入世贸组织签署协议，其中，我国政府在医药领域主要有五方面的承诺：一是保护药品知识产权；二是降低药品进口关税；三是2001年取消进口大型医疗设备的行政管制；四是2004年12月起开放药品分销服务；五是开放医疗服务。
截至当前，我国政府很好地履行了入世承诺。
在药品知识产权保护方面，我国早在1993年1月1日实施的新修改的《专利法》就对药品化合物实施了专利保护。同时，根据1992年中美签署的《中美知识产权备忘录》，我国对1993年以前的药品发明给予追溯性的药品行政保护作为弥补，从而为药品知识产权保护建立了重要的法律制度。
在降低药品进口关税方面，1999年，我国药品的平均进口关税在19%左右，而目前药品进口最惠国税率基本在3%～6%之间，其中税则号30066010和30066090的税率为0，税则号30067000的税率为6.5%，税则号30069100的税率为10%，进口关税大幅降低。
在取消进口大型医疗设备的行政管制方面，目前，我国对单件设备2万美元以上，一次合计20万美元以上大型医疗设备取消了进口审批权，大型医疗设备的进口基本没有障碍。
外商可在中国从事药品采购、仓储、运输、配送、批发、零售和售后服务。2004年12月，美国美华医药公司以100万美元全资收购北京万维医药有限公司，成为首家独资进入我国医药分销领域的外资公司；2005年4月，日本住友与河南最大的医药流通企业之一天方药业集团公司签订了《股份购买协议》；2006年，舒普玛控股贵州一树连锁医药公司51%的股份；2007年1月，英国最大药品分销和零售公司之一的联合博姿（AllianceBoots）宣布与我国第三大药品批发公司广州医药有限公司组建合资企业。2008年又与上海荣恒医药公司成立了合资公司。由于我国医院仍然是药品终端销售的主要渠道，所以，外资在进入药品分销领域的态度还比较谨慎。
我国医药产业是遭受国外对华贸易救济措施的重灾区之一，我国遭受的第一起反倾销案就发生在医药领域，即1979年8月欧共体对从我国进口的糖精钠实施反倾销。我国遭受的国外第一起反垄断案也发生在医药领域，即2005年年初，美国Ranis公司和AnimalScienceProductsInc.公司控告我维生素C出口企业高价垄断维生素市场。根据中国医药保健品进出口商会的统计，1990年至2008年12月底，我国医药保健品共遭受53起国外反倾销调查，我国企业参加应诉的有26起，应诉率不到50%，而在应诉的案件中完全胜利的只有2起，对方主动终止调查的4起。
在我国对外实施反倾销等贸易救济措施方面，只有2007年6月16日起对原产于印度的进口磺胺甲0恶唑征收反倾销税这一起案件赢得胜利。
企业规模严重偏小。我国医药制造企业普遍规模较小。根据中国企业联合会、中国企业家协会发布的《2006中国企业500强名单》来看，进入500强榜单的以医药为主业（含医药商业企业）的企业只有10来家，其中以医药制造业为主业的只有华北制药集团和新华鲁抗医药集团，分别排在第441和475名，其营业收入分别为68.1亿和63.7亿元人民币，都不到500强平均营业收入的1/4。据国家统计局的统计，2005年，我国医药生产大型企业仅为55家，不到全部国有和规模以上医药企业数的1%。从国际对比来看，2007年美国辉瑞公司的收入是486亿美元，是华北制药集团的54倍。
产业集中度较低。近年来，我国医药产业的集中度呈现逐步下降的趋势，2005年前5强企业销售收入占比不到9%，前100强企业占比不到40%，分别较2002年下降了约2个和4个百分点。大型医药企业的销售收入占比大幅下滑，从2002年的46.2%，下降到2005年的20.8%。从国际水平来看，2007年全球前10大制药企业销售收入占当年全球药品销售收入的40%，而我国前10大医药企业市场集中度不到14%，其集中度是我国的近3倍。
产业运行效益不高。医药产业公认为是高利润、高回报的产业，但在我国并非如此。自2004年以来，整个产业的利润增长渐显乏力，2006年同比增长仅11.1%，比当年全国规模以上工业企业平均31%的利润增速低近20个百分点。同时，医药工业的毛利水平逐步下降，从2000年的36.9%下降到2007年的31.1%；整体创利能力也在下降，百元销售收入创利从2003年的9.37元人民币，下降到2006年的7.95元人民币；销售利润率从2003年的9.4%，下降到2006年的7.8%，2007年小幅上升至9.6%。但与之形式鲜明对比的是，全球财富500强中的制药企业销售利润率在15%～16%左右，有的甚至超过20%，特别是2002年财富500强中前10家制药企业的利润总和（359亿美元）竟然超过了其他所有490家企业的利润总和（337亿美元）。应该说，我国医药产业运行效益不高与产品结构、企业议价能力和同质化过度竞争等因素有直接关联。
产业发展受政策波动影响大。医药产业是受政府规制最多、最严的产业之一，也是受政策影响最深的产业之一。其中，宏观政策影响因素包括医疗卫生管理体制、医疗保险及报销制度、药品价格管理体制以及药品的注册、生产和流通体制等等。国家在医疗服务和保险方面投入的增加将直接推动药品市场规模的扩张。根据新医改方案提出的目标，我国将实现新型农村合作医疗制度，建立覆盖城乡居民的基本卫生保健服务体系。此举将分别创造医疗服务需求400亿元人民币和500亿～2900亿元人民币，以药品收入占50%计算，分别增加药品市场规模约200亿元人民币和250亿～1450亿元人民币。
